Dans une lettre, les deux groupes environnementaux (qui ont déjà demandé de suspendre l’examen du projet actuellement en cours devant l’Office national de l’énergie en déroute) proposent aux deux premiers ministres de le confier dès à présent à une nouvelle Commission mixte fédérale-provinciale, composée de commissaires issus de l’Office national de l’énergie et du Bureau d’audiences publiques sur l’environnement du Québec (BAPE), bilingues et indépendants. Ceux-ci seraient chargés d’examiner en premier lieu le tronçon québécois du Projet, lequel est le plus important, incluant l’ensemble des aspects environnementaux tant fédéraux que provinciaux, dont les émissions de gaz à effet de serre de l’extraction à la consommation et l’acceptabilité sociale par toutes les communautés visées. Les ajouts moins longs prévus dans les autres provinces seraient examinés plus tard.
Selon Me Dominique Neuman, procureur des deux organismes, cette Commission mixte serait chargée d’exercer les pouvoirs de l’Office national de l’énergie et du Bureau d’audiences publiques sur l’environnement du Québec (BAPE) et de faire rapport aux deux niveaux de gouvernement. Il souligne que les gouvernements du Canada et du Québec ont le pouvoir de créer de telles commissions mixtes fédérales-provinciales, ce qu’ils avaient d’ailleurs déjà fait à l’occasion des projets de terminaux méthaniers Rabaska et Cacouna et, plus généralement, dans le cadre de la Convention de la Baie-James. Le Canada et la Colombie-Britannique avaient aussi crée une commission mixte pour étudier le tronçon en Colombie-Britannique projet de pipeline Northern Gateway.
Selon André Bélisle, président de l’Association québécoise de lutte contre la pollution atmosphérique (AQLPA), les Commissaires Mercier et Gauthier et le président de l’Office Watson ont achevé de démolir le peu de crédibilité qui restait à l’Office national de l’énergie en rencontrant secrètement le consultant de TransCanada, M. Jean Charest et des représentants de la Chambre de commerce et d’Équiterre au sujet du dossier de pipeline Énergie Est dont l’Office étaient pourtant déjà saisie en audience publique. L’Office national de l’énergie a continué à miner sa propre crédibilité en tentant d’abord de nier le contenu de ces rencontres secrètes puis en remettant aux calendes grecques sa décision sur les demandes de récusation des commissaires impliqués et en tentant de continuer l’audience comme si de rien n’était. À cela s’ajoute le récent reportage de Radio-Canada du 28 août 2016 selon lequel l’Office aurait négligé de faire respecter des conditions de sécurité d’oléoducs de Trans canada pendant quatre ans après avoir reçu une plainte à ce sujet.
Selon de nombreux observateurs dont des municipalités importantes, l’Office est devenu une mascarade dans ce dossier et est devenue inapte à étudier le projet en tant que Tribunal devant respecter des normes d’apparence d’impartialité et d’indépendance
Selon l’AQLPA et S.É., le transfert de ce dossier à une Commission mixte fédérale-provinciale permettrait de repartir à neuf. De nouveaux Commissaires bilingues et indépendants pourraient être nommés. La Commission mixte permettrait également de s’assurer que les compétences juridictionnelles du Québec soient respectées, ce sur quoi le gouvernement du Québec fut hésitant jusqu’à présent. L’examen permettrait de traiter de toutes les questions environnementales fédérales et provinciales, des émissions de gaz à effet de serre de l’extraction à la consommation et de l’acceptabilité sociale, sujets que beaucoup ont reproché à l’Office de vouloir minimiser.